Berbicara mengenai sejarah asli dan utuh dari Desa Beaneno saat ini sangat sulit untuk didapatkan. Hal ini disebabkan oleh ketiadaan sumber tertulis serta faktor budaya tutur (lisan) yang mengandung banyak kelemahan, keterbatasan daya ingat, dan tidak lagi diteruskan oleh para orang tua kepada generasi penerusnya. Oleh karena itu, tidak mengherankan jika terdapat berbagai variasi atau versi cerita yang saling berbeda satu sama lain.

Pah Un Beaneno adalah nama Raja Pertama Desa Beaneno, yang datang dari Insana (Oelolok) menuju Fatubesi. Namun, sebelum tiba di Fatubesi, Pah Un Beaneno singgah sejenak di Bikane (Faut Blkase), yang dalam Bahasa Indonesia berarti Batu Kuda.

Desa Beaneno merupakan desa hasil kolonisasi yang awalnya merupakan bagian dari Desa Manulea, kemudian mekar menjadi Desa Beaneno. Desa ini terdiri dari 4 Dusun, yaitu:

1. Dusun Bikane

2. Dusun Ekam

3. Dusun Sosial

4. Dusun Lianain

Pada tahun 2001, Desa Beaneno mulai dipersiapkan secara adat. Kemudian, pada tahun 2004, Desa Beaneno mendapat SK Desa Persiapan. Pada tahun 2005-2006, diangkatlah penjabat Desa Beaneno dengan jumlah penduduk 200 KK dan sekitar 750 jiwa. Pada periode 2007-2013, Desa Beaneno terbentuk menjadi desa definitif, dengan Siprianus Seran sebagai Kepala Desa perdana. Tahun 2013-2019, kepala desa yang menjabat adalah Stefanus Hane Fatin. Pada tahun 2019-2021, penjabat Kepala Desa Beaneno adalah Ferdinan Un Muti, S.Hut, M.Si. Pada tahun 2022, penjabat Kepala Desa dipegang oleh Dominggus Lotu, dan pada tahun 2023-2029, Kepala Desa definitif adalah Egidius Hane, S.Tr.Par., dengan jumlah KK sebanyak 220 dan jumlah jiwa 814.

Daftar Kepemimpinan Kepala Desa Beaneno:

1. Tahun (2005-2006): Siprianus Seran sebagai Kepala Desa dan Gaspar Seran sebagai Sekretaris Desa (Sekdes).

2. Tahun (2007-2013): Siprianus Seran sebagai Kepala Desa dan Regina Uruk sebagai Sekdes.

3. Tahun (2013-2019): Stefanus Hane Fatin sebagai Kepala Desa dan Regina Uruk sebagai Sekdes.

4. Tahun (2019-2021): Ferdinan Un Muti, S.Hut, M.Si sebagai Penjabat Kepala Desa, Regina Uruk sebagai Sekdes, dan Thelemitro Y. Olla, S.Sos sebagai Sekdes.

5. Tahun (2022): Dominggus Lotu sebagai Penjabat Kepala Desa.

6. Tahun (2023-2029): Egidius Hane, S.Tr.Par dan Thelemitro Y. Olla, S.Sos sebagai Sekdes.